Duke nukem 3D: сюжет игры прост и незатейлив. Дюк Нюкем возвращается в Лос-Анджелес после своего очередного триумфа (события Duke Nukem II). Неожиданно по радио поступает сигнал бедствия: город штурмует ранее неизвестный враг — агрессивная инопланетная раса, прибывшая с целью похищения женщин. Космический корабль Дюка сбивается ракетой, но ему удаётся катапультироваться на крышу дома. Он берётся за оружие и начинает ураганную бойню, сметая горы пришельцев на пути к их лидерам.